A Nintendo reconheceu a existência de um erro grave em The Legend of Zelda: Skyward Sword que impede o progresso dos jogadores.
O erro apenas acontece se uma série de eventos, que têm lugar perto do final do jogo, forem completados de uma maneira específica.
A quest "Song of the Hero" é onde o erro tem origem, que pede aos jogadores para revisitarem três localizações. O erro acontece se visitarem primeiro o "Lanaryu Desert", falarem com a personagem "Golo the Goron" antes de receberem a música "Thunder Dragon" e se depois disto, falarem com a personagem novamente.
Se fizerem isto, têm somente duas opções: começar o jogo de novo ou reverter para uma gravação anterior.
A Nintendo não revelou quaisquer intenções de uma atualização para o jogo, embora o feedback dos jogadores esteja a ser documentado.