O enredo de Metroid Other M para a Wii foi um dos aspectos mais criticados do jogo que foi desenvolvido pela Team Ninja para a Nintendo.
Em entrevista com o G4TV, Yosuke Hayashi, realizador do jogo, foi questionado sobre este assunto, ao que ele respondeu que o enredo foi feito pela Nintendo, mais concretamente por Yoshio Sakamoto.
"Trabalhámos com eles no projecto, mas isso foi uma coisa deles. Aprendemos muitas coisas com a Nintendo, com Other M e Sakamoto," disse Hatashi. Segundo ele, a colaboração foi estreita e beneficiou ambas as partes.
Neste momento a Team Ninja está a produzir Ninja Gaiden 3 e Dead or Alive 5.