Falando a respeito de Alpha Protocol, a Obsidian declarou que apesar de um novo título ter sido oficialmente negado pela Sega, eles gostariam de desenvolver uma seqüência. Os responsáveis deixaram claro que estão cientes dos problemas e falhas do primeiro jogo, e estariam dispostos a criar um jogo melhor em vários aspectos:
"Eu acredito que existem uma série de detalhes no jogo que poderíamos ter feito de uma forma onde o resultado final seria significativamente melhor para os jogadores. Se tratam de elementos que nós percebemos que seria possível trabalhar de uma forma diferente e criar algo mais realista. Entretanto, existem certas coisas que nós acreditamos que foram muito bem, como a história em um todo, a abordagem e os personagens."
"Talvez não seja necessariamente a respeito do trabalho que fizemos, mas existia alguma coisa além do jogo. Talvez a maneira que o representamos ou como o apresentamos para o público que fez como que os jogadores achassem que algo faltava dentro daquela promessa apresentada originalmente. Dessa forma, uma outra lição importante que aprendemos diz respeito a comunicação, e como ela é tão importante quanto qualquer outra etapa quando um novo jogo surge no mercado."