Shadow Harvest é definido no ano de 2025. O jogador assume o controle sobre dois agentes ISA (Myra Lee e Aron Alvarez), que são mobilizados como agentes da elite black-ops em vários pontos atuais e futuros conflitos em todo o mundo para completar cooperativamente operações encobertas. Ambos os personagens são muito diferentes um do outro e têm também diferentes habilidades especiais. Para alcançar todas as metas e otimizar a missão, o jogador precisa combinar suas habilidades de Myra stealth, inteligência e capacidade atlética com a abordagem de Aron de batalha e força .
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O enredo do jogo é inspirado nas atividades do Exército E.U. em especial na unidade de operações especiais ISA (Intelligence Support Activity), mas apesar de seu aspecto altamente detalhado e realista, Shadow Harvest não se esforça para ser um simulador hardcore militar nem quer ser apenas mais um "shooter em dupla". Além de ser um jogo de ação acelerado tático quando jogando com Aron, Shadow Harvest também possui stealth real e elementos de ação e aventura quando jogado com Myra. A mistura dos recursos dos 2 personagens permite novas possibilidades de narrativa interativa e permite que o jogador mergulhe profundamente em uma história emocionante e em uma experiência de jogo envolvente e única.