Originalmente previsto para debutar no Ocidente sem cortes, "Yakuza 3" teve uma pequena parte de seu conteúdo removida. Segundo a Sega, apenas minigames sobre a história do Japão e os de "hostess clubs" foram cortados, pois não "fariam sentido" para o público americano e europeu.
Os primeiros compradores, porém, relatam que a Sega tirou mais do que havia anunciado. Mensagens de jogadores aborrecidos invadiram o fórum oficial da Sega. Eles reclamam que o minigame de mahjong e várias missões paralelas também foram removidas, e que a companhia omitiu essa informação.
Eles citam que, por exemplo, entre os capítulos 3 e 4, nove das quarenta missões originalmente disponíveis não estão presentes na versão ocidental. O corte interfere na pontuação dos jogadores.
A explicação oficial da Sega era de que os cortes haviam ocorrido em razão de um cronograma apertado, mas que o resultado seria uma edição "99%" fiel, apenas com menos jogos de perguntas e respostas. Após a série de reclamações, a companhia mudou o discurso, admitindo que a mesma falta de tempo a fez "deixar de fora certas parte do jogo".
Máfia japonesa
"Yakuza 3" é sequência direta de "Yakuza 2" - existe um episódio paralelo, "Yakuza Kenzan", ambientado na era dos samurais -, e que foi lançado no mercado japonês em 26 de fevereiro de 2009. O estilo do jogo segue os antecessores para o PlayStation 2: na pele do ex-mafioso Kazuma Kiryu, o jogador se envolve numa trama de corrupção e traição. O bairro boêmio de Kamuro retorna, mas, agora, também é possível ir até Okinawa, a província mais "tropical" do Japão.