Os dois primeiros títulos da série Yakuza retratam a máfia japonesa nos tempos atuais. O terceiro episódio continua no mesmo caminho, só que desta vez o enredo se passa 400 anos atrás, mais precisamente, no ano de 1605.
O protagonista se chama Kazumanosuke Kiryu, que também atende por Musashi Miyamoto, homônimo do mais famoso samurai da história. Ele adora jogos e mulheres, e vive de prestar todo tipo de serviço, desde que seja pago. Um dia ele recebe a visita de uma mulher que deseja contratar seus serviços. A missão é matar um outro Musashi.
Como nos jogos anteriores o cenário tem um papel fundamental no jogo. Existe uma grande quantidade de estabelecimentos, como casas de jogos, bordéis e restaurantes. Tudo ao estilo tradicional dos anos 1605. O estilo de combate abandona armas de fogo e em seu lugar temos a inclusão de espadas e batalhas corpo-a-corpo.
Novos golpes serão conhecidos durante a jogatina e serão ensinados em academias de artes marciais. Especula-se que será possível também aprender novos golpes apenas observando o dia-a-dia da cidade. Isso forçará que o jogador seja mais observador durante sua aventura.
Yakuza 3 tem previsão de lançamento para o Playstation 3 em 2008.