Sua história se foca no reinado do Dr. Weil sobre a Neo Arcadia de onde humanos, que foram reduzidos a civis de segunda classe, começam a escapar em grande número para o último local em que apresenta condições de vida do planeta, a Area Zero, iniciando um conflito entre ambos os grupos. Os efeitos desta guerra eventualmente levam Zero e a Resistence a proteger a Area Zero e seus habitantes dos atos maléficos do Dr. Weil.
