Shinobido 2: Revenge of Zen se passa seis meses após os eventos do jogo anterior, colocando os jogadores na apele de Zen, um assassino. O jogo conta uma história de traição e intriga situado na região de Utakata, antes pacifica, agora em meio a uma terrível guerra civil.
Traído por seus companheiros e com uma ferida mortal, Zen vira um ninja e se prepara para encontrar aqueles que o enganaram, usando a sua fúria em uma vingança silenciosa, porém mortal.
