Tempos depois, um misterioso Mr.X (Dr. Wily em um péssimo disfarce) realiza um grande torneio de luta entre Robotics. Mas tudo não passava de um plano para roubá-los e usá-los num plano de dominação do mundo. Mega Man derrota os novos 8 Robot Masters: Tomahawk Man, Yamato Man, Knight Man, Centaur Man, Wind Man, Flame Man, Blizzard Man e Plant Man, enviados por Mr.X e descobre sua real identidade: Dr. Wily. Como sempre Wily é derrotado, mas desta vez é preso! Na capa do jornal aparece a manchete: “Wily agora domina uma cela da prisão!”
