Contra 4 para Nintendo DS é uma seqüência direta de Contra III: Alien Wars. Dois anos após a derrota de Red Falcon (um ataque alienígena à Terra), a força invasora Black Viper se aproxima da Terra. Os heróis originais da série – Billy Rizer e Lance Bean juntamente com os dois recém-chegados – Mad Dog e Scorpion formam a última linha de defesa da humanidade contra a aniquilação total.