Basicamente, Far Cry Instincts é igual a Far Cry, porém com ligeiras modificações em seu enredo para justificar o novo nome e na jogabilidade, se adequando mais a um console. Novamente assumimos o comando do canastrão John Carver, um ex-militar que agora trabalha com embarcações. Em um de seus serviços, quando conduzia uma jornalista por uma misteriosa ilha da Micronesia, seu barco é atacado e a moça é seqüestrada. Com sangue militar nas veias e o estereotipo de herói bad-boy, ele assume a missão de resgatá-la e acaba se envolvendo em uma conspiração de grandes proporções.
