Introdução
O jogo começa com Zeus fazendo um discurso para os outros Deuses do Olimpo, para convencê-los a se unirem para matar Kratos e os Titãs. Os Deuses vão para a batalha: Helios sai voando em sua carruagem de fogo, Hermes desce correndo a lateral do Monte, Hades lança a si próprio para fora do altar onde os Deuses estão, Hércules recebe ordens para liderar suas tropas até o campo de combate, e tudo isso sob a supervisão de Zeus.
Poseidon
Epimetheus lança uma enorme rocha em direção ao topo do Monte Como resposta, Poseidon, o único além do Deus dos Deuses que não entrara na batalha, pula do topo do Olimpo e desce como um míssil, acertando o peito do Titã e lançando-o na água. No local da queda de ambos, um redemoinho de água se forma e de lá surge Poseidon como um enorme ser formado por água e cavalos também feitos de água chamados Leviatãs.
O Deus dos Mares é a maior ameaça naquele momento. Os Leviatãs sob seu comando derrubam os Titãs do Monte Olimpo um a um. Kratos está junto com Gaia, e o foco do espartano se torna os monstros que tentam derrubá-la. Após algumas batalhas contra Leviatãs e exploração de cenário, passando inclusive pelo coração da Titã, o próprio Poseidon se volta para Kratos e Gaia.
Após muitos golpes com sua arma, Kratos chega até a mão de Gaia. Ela desfere um soco no monstro de água e Kratos o atravessa, tirando Poseidon de dentro dele e caindo em uma plataforma separada. Tanto o monstro como os Leviatãs se desmancham no ar. O Deus dos Mares tenta intimidar Kratos, mas isso não o salva de uma morte sangrenta e de ter seu corpo morto lançado ao mar. A morte de Poseidon leva a uma enorme enchente que deixa quase toda a terra firme em baixo d’água.
Zeus
O Fantasma de Esparta se junta a Gaia novamente e ambos continuam escalando o Olimpo. Eles chegam a um altar onde Zeus os espera. Após uma breve conversa, o Rei dos Deuses prepara seu ataque. Gaia tenta atacá-lo, mas ele é mais rápido e mandar um grande relâmpago, que lança Kratos e a Titã para fora do Monte.
Gaia consegue se pendurar no Monte antes de chegar à água, mas Kratos tem dificuldades em se segurar a ela. Ela diz que se ajudá-lo, os dois cairão e revela a verdade: ela não salvou o espartano para que ele destruísse Zeus, mas para servir aos Titãs, dando a eles uma melhor chance de enfrentar seu mais odiado inimigo. Agora que eles conseguiram o quê queriam, Kratos não é mais necessário, então Gaia continua sua escalada e, mesmo usando a Blade of Olympus, o Fantasma de Esparta cai.
Athena
Kratos cai no Rio Estige (River Styx, em inglês). Após nadar para fora dele e ter seu poder sugado pelas almas que residem naquelas águas, o espíroto de Athena surge para ele. Ela diz que matar Zeus será mais difícil do quê matar Ares. O único jeito é destruir a fonte de seu poder, a Chama do Olimpo (Flame of Olympus em inglês). O espartano tem suas dúvidas quanto às motivações dela, afinal, ela morreu para salvar Zeus. A Deusa diz que a morte a elevou a um nível superior de existência, vendo verdades que antes lhe passavam despercebidas. Ela entendeu que enquanto o Rei dos Deus continuar vivo, não há esperanças para a humanidade. Para ajudar Kratos em sua vingança, ela transforma as Blades of Athena em uma arma mais poderosa, as Blades of Exile. Essa nova arma garante uma nova magia, chamada Army of Sparta, que invoca espartanos mortos para proteger Kratos.
Peirithous
Kratos encontra uma mensagem escrita por Peirithous falando que irá salvar Persephone das mãos de Hades. O Deus do Submundo descobriu sobre o plano, então o Fantasma de Esparta encontra o homem preso atrás de uma barreira de plantas. Peirithous diz que dará a única coisa que ele tem, um arco, para Kratos se ele libertá-lo.
O espartano resolve um puzzle e solta um Cerberus que estava preso na mesma área. Ele crava as Blades of Exile no monstro de três cabeças e o usa para botar fogo na prisão de Peirithous. Infelizmente, isso acaba fazendo com que o próprio Peirithous seja queimado vivo. A única coisa que resta além do corpo carbonizado é o Arco de Apolo (Bow of Apollo, em inglês), que funciona de modo muito parecido com o Typhon’s Bane de God of War II.
Os Três Juízes dos Mortos
Kratos chega a um local com três estátuas gigantes segurando a Corrente de Equilíbrio (Chain of Balance, em inglês), uma corrente que liga o Reino de Hades e o Monte Olimpo e cria, como o nome sugere, um equilíbrio entre os dois mundos. Após passar por três desafios, o espartano encara os três reis gregos: Minos, Eáco e Radamantos. Eles avaliam Kratos e abrem uma das duas portas que há no local. Segundo eles, o reino da pós-morte não está preparado para o espartano.
Hades
Kratos encontra Hephaestus, que diz ter sido posto no Submundo por Zeus. Entretanto, ele não é de muita ajuda, pois a única coisa que diz sobre a Chama do Olimpo é que Kratos a achará se conseguir encontrar uma saída do Reino de Hades. O Fantasma de Esparta também encontra mensagens escritas por pessoas do seu passado. Uma delas é do capitão do navio, no primeiro jogo, aquele que Kratos encontrou na garganta da Hydra e deixou morrer. A segunda é mais interessante, escrita pela mãe do espartano. Ela diz que todos que chegam perto dele morrem, assim como aconteceu com a esposa, a filha, o irmão dele e com ela própria. Ela se sente culpada por aquilo que seu filho se tornou, diz que deve ser punida pelos pecados dele. O espartano também reencontra a Blade of Olympus e libera o Rage of Sparta.
Kratos continua seu caminho até entrar no palácio de Hades e chegar a uma estátua do Deus. Na frente dela está um caixão com o corpo restaurado de Persephone, que acaba sendo usado para abrir um buraco na estátua. Dentro dela, Kratos encontra Hades e finalmente enfrenta o Rei do Submundo. O espartano arranca os órgãos dele até que o Deus se enfurece e abre uma vala no meio do cenário, onde a água do rio Estige começa a passar. O Fantasma de Esparta consegue roubar as garras que Hades usa como arma (as Claws of Hades viram uma nova arma do jogador) e o lança no rio.
Entretanto, Hades volta, sem capacete e ainda maior do quê antes. Ele é finalmente derrotado e Kratos, usando as Claws of Hades, absorve a alma do Rei do Submundo. Isso dá ao espartano a habilidade de nadar no rio Estige sem sofrer nenhum tipo de dano. Sem Hades no comando do Mundo Inferior, todas as almas que ele absorveu e que estão presas naquele lugar são libertadas. As Claws of Hades também ganham uma nova magia, que permite ao jogador invocar a alma de inimigos para lhe ajudar.
Hephaestus
Kratos acaba voltando ao lugar onde Hephaestus está. O ex-Deus conclui que Hades agora está morto. Ele diz que nem sempre foi o quê é agora, um monstro. Houve uma época em que ele era o artesão mais valorizado do Monte Olimpo. Zeus o recompensou casando-o com Afrodite e Hera se vangloriava do filho. Mas no dia que o Fantasma de Esparta matou Ares, tudo mudou. Foi nesse dia que Zeus se tornou o demônio que Kratos conheceu. O Rei dos Deus pegou a filha de Hephaestus, Pandora. Desde então, o ferreiro tenta recriar a filha, uma vez após a outra e sempre falhando. Ele diz que o espartano pode trazer Pandora de volta, mas é claro que Kratos não se importa com ela.
Hephaestus dá uma informação importante a Kratos: para sair do Mundo Inferior, é preciso ter a alma de um Deus para usar o Portão de Hipérion (Hyperion Gate, em inglês). Segundo ele, o Portão que existe na área não é usado há muito tempo e com certeza está quebrado. Com isso em mente, o espartano volta até um portão semelhante e sai do Reino de Hades.
Gaia
Kratos está de volta ao Olimpo e reencontra Gaia, que está escalando o monte de novo. Ela tenta convencer o espartano a ajudá-la de novo, mas ele não a vê mais como uma aliada. Kratos diz que essa guerra contra os Deuses do Olimpo é dele e não dos Titãs. Resultado? O Fantasma de Esparta decepa a mão de Gaia e ela cai da montanha.
Helios
Kratos está em frente à cidade de Olympia e após passar por um pequeno teste, consegue atravessar os portões dela. Ao fundo, é possível ver o titã Perses lutando contra Helios. O espartano, após enfrentar uma Quimera, toma o controle de uma balista e consegue acertar a carruagem do Deus do Sol. Ele é pego então por Perses, que o esmaga com a mão e o lança em algum lugar da cidade. O Titã continua sua escalada e Kratos vai atrás de Helios.
O Fantasma de Esparta consegue reencontrar Helios, que está completamente quebrado. Alguns monstros surgem para proteger o Deus, mas não adianta muito. Helios tenta convencer Kratos a salvá-lo assim como o salvou de Atlas (em God of War: Chains of Olympus) dizendo que o recompensara. O espartano exige que o Deus diga a localização da Chama do Olimpo, mas ele não está disposto a fazer isso. Ele emite uma intensa luz que cega Kratos, mas isso não para o espartano e, após alguns golpes, Helios diz que é preciso “entrar” na Chama para receber seu poder. Mas o Fantasma de Esparta já soube através de Hephaestus que a Chama mata quem a toca.
Depois disso, temos a cena brutal em que Helios é decapitado.
Com a morte de Helios, o sol some do céu e uma chuva intensa começa a cair.
Hermes
Com a cabeça de Helios (Head of Helios, em inglês), Kratos atravessa cavernas escuras e chega até o Caminho de Eos (Path of Eos, em inglês). Uma mensagem diz: “Aqueles que veem o quê os Deuses veem, conseguirão achar o caminho para o Olimpo”. O espartano também encontra uma estátua de Pandora, que ele encontrou duas vezes no Submundo. A estátua contém a alma dela, e tenta convencer Kratos a ajudá-la, mas ele ainda se recusa.
O Fantasma de Esparta, utilizando-se de uma corrente de ar, voa para cima seguindo a Corrente de Equilíbrio. Ele encontra Perses no caminho, o Titã tenta atacá-lo, mas o espartano é mais rápido e acerta o olho do gigante com a Blade of Olympus, ocorre uma explosão e Perses cai. Ele continua voando, chegando a uma sala onde encontra Hermes. O Deus caçoa de Kratos e a busca por vingança do espartano, também se vangloriando da própria velocidade.
Hermes sobe a Corrente de Equilíbrio correndo e Kratos faz o mesmo, chegando a sala onde está a Chama do Olimpo. Dentro da Chama está a Caixa de Pandora, o quê confunde o espartano. O espírito de Athena reaparece e revela que o poder de matar um Deus ainda repousa dentro da Caixa. Quando Zeus venceu os Titãs na Primeira Grande Guerra, viu que os males nascidos daquela batalha poderiam destruir o mundo dos homens e dos Deuses. Ele deu a Hephaestus a tarefa de construir um recipiente para guardar tais males. Quando abriu a Caixa para matar Ares, Kratos liberou esses poderes proibidos. Após testemunhar a morte do Deus da Guerra, o medo tomou conta do Rei dos Deuses. Segundo Athena, Pandora é a chave para destruir a Chama, para conseguir a Caixa.
Após Athena sumir, Hermes reaparece caçoando de Kratos e levando o Fantasma de Esparta em uma perseguição. Em determinado momento, o Deus sobe numa estátua, que Kratos derruba com uma catapulta. O Fantasma de Esparta vai até Hermes novamente e o encontra todo quebrado. Como não pode fugir, ele tenta enfrentar o espartano, mas está enfraquecido demais para conseguir. Kratos, em sua falta de piedade, amputa as duas pernas de Hermes para pegar suas botas (as Boots of Hermes). O cadáver do Deus se desfaz em uma nuvem de gafanhotos que cobre toda a cidade de Olympia, espalhando uma doença contagiosa que mata todos os mortais da cidade.
Hercules
Kratos chega a uma arena onde encontra Hera. Após uma pequena conversa, ela manda Hercules, duas vezes maior que o espartano, para matá-lo. O semideus acredita que seu meio-irmão sempre foi o favorito de Zeus. Enquanto realizava seus 12 trabalhos, Kratos era escolhido para matar Ares e é coroado novo Deus da Guerra. Mesmo tendo matado o Leão de Neméia, foi general espartano que foi feito famoso por Zeus. O plano de Hercules é simples: matar o Fantasma de Esparta e tomar o posto de Deus da Guerra para si próprio.
Kratos mata os soldados de Hercules até que ele decide pegar as Nemean Cestus e enfrentar o espartano cara-a-cara. Após uma batalha sangrenta e incrível, o espartano rouba as armas do irmão e temos mais uma cena brutal: usando as Nemean Cestus, Kratos literalmente esmaga a cabeça de Hercules a socos. No último deles, os dois caem nos esgotos do lugar.
Hephaestus
Kratos continua sua jornada, encontrar uma escrava de Poseidon e Aphrodite no caminho. Ele também fala com Pandora, que diz estar em um Labirinto no Olimpo, antes que Zeus apareça e fale para Kratos ficar longe dela.
Kratos entre em um Portão de Hyperion no quarto de Aphrodite e volta para a forja onde está Hephaestus. O espartano logo pergunta sobre o Labirinto e o ferreiro percebe rapidamente que ele está atrás de Pandora, pedindo para ele ficar longe dela, afinal, ele é o motivo de ela estar no Labirinto e o Ex-Deus no inferno. Hephaestus conta sua história para Kratos. Após construir a Caixa, o ferreiro precisava criar uma forma de recuperá-la. Ã partir da Chama, ele criou Pandora e ambos passaram a se amar como pai e filha. Quando Zeus decidiu levar a Caixa, Hephaestus escondeu Pandora, mentindo para o Rei do Olimpo que o lugar mais seguro para guardar a Caixa de Pandora seria as costas do Titã Cronos. Quando Kratos alcançou a Caixa, Zeus descobriu a mentira e torturou o ferreiro até que ele confessasse a verdade.
O espartano deixa claro que não irá parar sua vingança e Hephaestus decide ajudá-lo. Ele quer que o Fantasma de Esparta vá até o Abismo do Tártaro, o campo de batalha da Primeira Grande Guerra, e pegue a Pedra Omphalos, para que assim faça uma arma como Kratos nunca viu. O espartano reluta no começo, mas decidi procurar a pedra.
No Abismo do Tártaro, Kratos reencontra Cronos, que Zeus, devido ao medo, baniu para aquele local após a morte de Ares. Após uma grande batalha contra o gigante, o espartano é engolido e consegue recuperar a Pedra Omphalos, matando o Titã com a Blade of Olympus logo em seguida.
Voltando para Hephaestus, Kratos o acusa de mandá-lo para a morte. O Ex-Deus diz que sabia que o espartano sobreviveria. De posse da Pedra, ele faz uma arma e dá para Kratos. O ferreiro, tenta matar o Fantasma de Esparta, mas acaba sendo morto por ele. De posse de uma nova arma, o Nemesis Whip, Kratos continua sua jornada.
