A trama do game se passará durante dois periodos de tempo: Um durante a década de 80 mostrando o protagonista de Black Ops, Alex Mason, onde irá lutar numa guerra de procuração pelos Estados Unidos.
E no século XXI durante uma suposta Guerra Fria entre os Estados Unidos e a China no ano de 2025. As poderosas armas de guerra, somadas a um avançado desenvolvimento tecnológico, tornaram o mundo um verdadeiro campo de batalha.
