Foram encontradas pessoas no StreetPass usando The Legend of Zelda: Twilight Princess 3D em evento

Twilight Princess se passa alguns anos após os acontecimentos de Ocarina of time, porém partindo da cronologia deixada pelo Majora's Mask, portanto é paralelo aos acontecimentos de Wind Waker em uma linha de tempo alternativa.

A história começa enquanto Link está treinando para tornar-se líder do povo de Ordon, por ser conhecido como alguém forte e corajoso. Depois de alguns acontecimentos, um garoto é capturado por macacos que assombram a aldeia, e Link vai a correr atrás dele com Epona, sua égua, e quando volta, Ilia nota que Epona está ferida, e leva zangada Epona para a fonte de Ordon, fechando a porta. Link vai ter com ela através de um túnel pequeno, e tenta pedir desculpa a Ilia, filha do chefe da aldeia, quando as portas de Ordon são subitamente quebradas e um imenso monstro em cima de um javali aciona o alerta para a chegada do exército do Crepúsculo.

Link então é transformado em um lobo (ficando inconsciente) e é preso. Um estranho ser chamado Midna aceita ajudar Link a salvar seus amigos. Fora da cadeia ele descobre que Hyrule foi transformada em um reino de Trevas, sob o comando do cruel rei Zant. Após falar com Zelda e saber que Zant a ameaçou, Link se encontra com um espírito da luz que esta debilitado, e para dar novamente a luz a Ordon são necessários capturar alguns insetos, os quais Zant espalhou sobre o reino para sugar toda luz. Apenas o senso canino do lobo pode achar esses insetos. Quando a luz retorna a aldeia, Link é escolhido pelos deuses para salvar a terra de Hyrule. Ele recebe o famoso gorro e a túnica verde usados pelo herói. De certa forma Link precisa ajudar Midna a achar as três Sombras Fundidas. E ao mesmo tempo Link vai capturando os insetos e dando toda a luz a Hyrule. Quando Link pega a Master Sword é lhe contada a história sobre o Espelho do Crepúsculo e sobre Ganondorf, que acabou fugindo de seu selo e matou o sábio da água. Em frente, Link precisa de colectar as 4 peças do espelho para então desafiar Zant e Ganondorf.

Segundo o jogo, Ganondorf conseguiu fugir graças a um "adorno sagrado", tornando-lhe também santificado, para quem viu essa história contado pelos sábios.

Ganondorf esteve trancado, mas se soltou graças a Triforça do poder (adquirida em Ocarina of Time), e com isso ele foi mandado ao reino do Crepúsculo, onde se fingiu ser um deus, manipulando Zant a conquistar as terras de Hyrule, lhe concedendo plenos poderes. O jogo mostra que Zant viu tal oportunidade, utilizou tal poder para usurpar o trono de Midna e fazer segundo a vontade de um deus obscuro ao qual ele chama de Ganon.

No decorrer do jogo já empunhando a Master sword, Link deverá destruir o ciclo dos acontecimentos em Hyrule, deter Zant de tornar Hyrule e Twilight em um só reino. No final do jogo Zant é subjulgado por Midna que toma o trono de volta, e como eu falei antes, um pouco antes de morrer Zant revela o seu deus Ganon. Então Midna diz que a chance de Link salvar Zelda era única, além do mais ele tinha que deter o dominio de Ganondorf em Crepúsculo e Hyrule.

No encontro entre o Gerudo e o filho Herói do tempo, Ganondorf mostra-se responsável por todos os eventos diabólicos nos dois mundos, mostrando sua ousadia em conquista os dois mundos, menospreza o povo do Crepúsculo revelando que se sentia feliz com a infelicidade desse povo.

Logo, diz a respeito da origem do poder dizendo que ele seria um justo rei nos dois mundos, pôs ele era o detentor do poder (se referindo claramente a seu fragmento da Triforça), e ameaçou destruí-los se o interrompessem. Com isso a reencarnação de Zelda é forçada a lutar contra Link, o herói a derrota porém Ganondorf da origem a besta das trevas Ganon, Link o derrota atingindo em seu peito a ferida da espada dos sábios com a Master Sword (lembre-se que a Master sword é a única espada capaz de banir Ganon).

Como último recurso Ganondorf se consome de energia e planeja matar a todos, mas é detido por Midna que se transforma em um monstro retirando-os dali.

Depois Ganondorf aparece, demonstrando ter matado a princesa do Crepúsculo, Midna, então Zelda pede auxilio aos espíritos da luz de deterem Ganon.

Segue-se uma Batalha no qual o Gerudo é selado novamente pelo herói do tempo, Zant aparece e o derrota como um fantasma (já que não pode ser morto devido ao poder de sua relíquia sagrada) mais rápido, mostrando vingança e remorso.

Com isso Midna aparece, sendo assim salva pelos espíritos da luz, mas ela já não está mais enfeitiçada, ela demonstra sua linda forma, fazendo o herói ficar bastante surpreso.

No final eles se reúnem no recinto do espelho afirmando que luz e sombra não se unem, e que a passagem entre os dois mundos deve ser selada, no caso seria o espelho, Midna por se a princesa desse mundo ela deveria voltar ao seu mundo.

No final ela parte, quebrando o espelho, mas com uma mensagem que em breve reencontraria o herói, então Link e Zelda observam o horizonte.